外界關注橫洲公屋計劃由誰人決定建屋量，甚至有「陰謀論」指事件存在「官商鄉黑」勾結。然而，上述失實指控在今日特首梁振英等政府官員召開的記者會已被一一釐清，所有疑慮一掃而空。運輸及房屋局局長張炳良表示，房屋署早在2012年就已開始研究在橫洲用地建公屋，並在2013年把橫洲用地分為三期。

在2013年7月至2014年3月期間，房屋署諮詢多名地區人士，他們全都是法定諮詢機構的代表，包括元朗區議會主席梁志祥、當區區議員鄧慶業、屏山鄉鄉事委員會主席曾樹和和首副主席鄧達善、代表屏山鄉的鄉議局特別議員鄧志強、民主黨區議員黃偉賢及鄺俊宇等。事實上，房屋署代表早於2013年已跟相關地區人士表示，不接受減少橫洲建屋計劃的規模及建屋量。

此外，房屋署同時進行有關棕地的研究，包括其大量巨實質經濟價值及存在需要的作業和棕地附近工業村造成的污染物評估，最終認定第二、三期工程有大面積棕地，必須先有妥善的棕地作業重置政策去配合發展計劃。

房屋署最終向運輸及房屋局建議分三期發展橫洲公屋，張炳良在包括特首、政務司司長、財政司司長及律政司司長的「三司會」上匯報有地區人士反對17,000個公屋單位的建屋計劃，該署亦認為，需時妥善處理棕地問題，為免拖累整個建屋計劃，運房局接納先發展橫洲第一期，務求令4,000個單位早日落成。

張炳良最終亦在「三司會」上建議，先發展第一期4,000個單位，總目標17,000個單位不變。特首梁振英會上支持以「先易後難」方向推進計劃，但堅守決定興建17,000個公屋單位的目標維持不變。梁振英重申，理解推動這個項目所面對的困難，支持房屋部門朝該方向開展工作，認為自己「作為行政長官和特區的最高負責人，做決定是應有的擔當」。