坊間流傳很多對服貿協議的誤會，如服貿協議一旦通過，大陸勞工與移民就會大舉入侵，臺灣勞工失業；臺灣出版業會被大陸把持；服貿協議只照顧大企業，忽視中小企業，影響臺灣安全等。不過馬英九鄭重強調：「這些都不是事實。」

馬英九解釋，臺灣根本沒有開放大陸勞工、移民或出版業來臺。臺灣開放陸資來臺已經將近5年，事前的審查與事後的監督都非常嚴格，違法的陸資立刻遭到處罰並撤資。而大陸對臺灣開放的80項中，電腦服務，房地產服務、旅行社、市場調查、攝影、翻譯、建築物清潔等等，都適用到臺灣中小企業，並不是獨厚大企業。

至於對可能受到衝擊的行業，臺灣政府已匡列了982億元，分類進行三種方式處理：振興輔導、體質調整，與損害救助，而服貿協議中還有緊急協商、國安例外、實施檢討，與修正規定等條款，隨時可有效因應各種狀況。馬英九強調，服貿協議是依據「以臺灣為主，對人民有利」的原則簽訂，對臺灣是利大於弊，行政部門能夠在未來立法院服貿協議審查的過程中，將實際情況說清楚。 

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