西貢污水處理廠的部分管道及設施在風暴期間受損，影響污水處理及排放，只能維持一級污水處理服務，另設消毒程序，近岸繞流以作排放。渠務署表示，「山竹」對設施的損壞嚴重，預計需要數月才能回復二級污水處理服務。發言人表示，污水處理廠的主要污水處理設施，包括紫外線消毒系統及二級污水處理所需設備，如鼓風機，電力裝置及污泥泵等，均已受損。部門將在1至2週內建造臨時管道，把一級處理和消毒程序處理的污水被送至原本的深海排放管道，並排放到遠和深的水域進行稀釋。

另一方面，位於港島南區苗圃徑的450毫米直徑污水壓力管，毗鄰深水灣燒烤架的直徑150毫米的污水壓力管及石澳頭台的300毫米污水壓力管，受風暴影響斷裂，污水溢出。渠務署預計會在3個星期內完成緊急維修工程。

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