審計署在最新一份《審計署署長報告書》中，批評醫院管理局對公營醫院工程項目管理不善，包括明愛醫院第二期重建計劃費用預算增加4成，而北大嶼山醫院第一期醫療服務的實際啟用日期亦較建議日期延後。

明愛醫院第二期重建計劃於2007年5月獲財委會批准撥款12.181億元，當時預料新建的醫院大樓及復康園地的工程會分別在 2011年8月和2012年3月或之前完成，但當時醫管局進行招標，所有標書都高出估價，結果取消該次招標，後來食衛局再提交撥款申請，獲財委會批准將預算增加至17.196億元，主要原因是建築成本上升和價格調整準備增加。而醫院大樓及復康園地的工程分別於在2013年11月和2015年10月大致完成，較當初預期遲分別27個月及43個月完工。

至於北大嶼山醫院第一期，原訂於2016年第三季全面投入服務，但審計署發現有部分醫療服務仍未啟用，包括婦科及兒科專科門診服務、為日間手術病人而設的 20 張病牀和120 張住院病牀，醫管局解釋，醫療服務的主要限制，源於人手短缺及醫管局內不同的服務需求。

另外審計署也指出，北大嶼山醫院大樓未被充分使用，有2,867平方米是空置的，有不少醫療設備使用率低於預期的60%，有部分設備更在採購後未曾使用，並過了保養期。

圖片來源：醫院管理局