按照原定計劃，高鐵香港段明年內完成工程後，還需要進行6至9個月的測試和試行才能正式通車。不過，運輸及房屋局局長張炳良表示，上周末方接獲港鐵通知，原訂2015年完成的廣深港高鐵香港段工程將會延誤，鐵路未必能如期通車。張炳良對事件表示驚訝及意外，並感到失望。張炳良表示，已要求港鐵提交全面報告，並交代最新情況，亦責成路政署就工程進度，作獨立審視及評估，政府會在下月二日立法會鐵路事宜小組委員會交代。

港鐵在傍晚召開記者會交代延誤細節，估計工程將延誤九個月。港鐵解釋，由於上月30日晚黑色暴雨期間，雨水湧入隧道，機器被雨水浸壞，連帶鑚挖機亦需要重大維修，暫時不能使用。

除機器問題外，港鐵總經理蔡豐松又表示，雖然沿著高鐵香港段的西九龍站有護土牆，但遇到200年一遇的大雨，令護土牆被浸毀，雨水湧入隧道內，工地內的水渠亦淤塞。

對於高鐵工程延誤，立法會議員陳鑑林表示，估計政府也是被蒙在鼓裡，相信當局要向港鐵進一步瞭解細節；而曾任九鐵主席的立法會鐵路事宜小組委員會主席田北辰則擔心，延誤會造成天文數字的超支，恐防應急撥款不足以支付。